有人指责皇帝的薄情寡义，反倒认为这样是理所当然。
官员的任免，由御史台考核，六科给事中评定，最终交给吏部举手表决通过。但三品以上，还必须交给内阁和元老议政院再次审核，最终举手表决通过。最终由皇上签署任免令，当然，这仅仅在说明，你是大明的官员，是大明皇帝的臣子。
而元老议政院和内阁的制度也有所改变。
元老议政院，是大明执政两驾马车之一，他是由退休致仕的国朝重臣以及勋贵公侯组成，由公推的德高望重宿老院长主持，第一届院长是德高望重的孙承宗。他主要的职责是监督内阁的运作。审核内阁提交新的政策的制定，弹劾罢免内阁成员。记住，这里只指弹劾罢免内阁成员，而不得干涉朝廷其他官员。其实就是给内阁拴上笼头，使得内阁不能胡作非为。
同时，一旦出现战争，元老院立刻转型为参谋部，让宿老发挥人老成精的特长，制定战略计划，行驶对带兵大将和兵部的监督，协调工部后勤的调配。
以上都是以精英推选而不是天下普选。这倒不是毛文龙改革不彻底，而是毛文龙依旧当时的国情，和后世的普选弊端，再大家吵架几天之后决定的。
一旦施行普选，一来民智未开，根本施行不了，二来的确是耽误功夫浪费精力。一个首辅或者是元老议政院的院长，为了上任，就要拿出一年的时间来向全国的老百姓宣传造势，然后为了保住位置，还要拿出功夫继续宣传自己。等下一届开始选举，就又要开始循环这样的操作。如此这个首辅不用做正事了，就整日为自己的事情忙吧。
皇上可以封驳提名，但只能有三次这样特权。皇帝有豁免权，即便是罪大恶极的，也必须执行。但每年只有一次（朱慈育在位其间，没有一次动用这些权利）
宣布朝廷以后政令依旧以皇帝圣旨为正名，但必须通过元老议政院，内阁署理才成为大明正式的政令，缺一皆为废纸。
撤销大帅总兵官永久带兵的权利。师以上的将军随时轮换绝不专属。
兵权交还给兵部，只有战争出现，由兵部指定任免将帅。
为了杜绝兵将不知的弊端，兵部分作两个部门，一个是后勤部门，一个是训练部门，，全天下的部队后勤都归兵部后勤司管理。队伍的后勤官员不归本支队伍主官管辖。
而天下士兵的训练全部统一，不再各行其是。
兵部尚书不再由文官担当，必须以武将为本。
罢免毛文龙原先一切职务，包括东江镇总兵官，以大明辽王任兵部尚书，掌管天下一切兵马。
明确规定，为了监督他主导的国策不在出现反复，毛文龙的兵部尚书职务为终身制，以后其他任何人不得执行。
也就是说，毛文龙就是看着大家，好好的贯彻这些政策制度，谁敢捣蛋，毛文龙有权灭了他。
至于他要捣蛋，谁灭了他，这个没说。
而又一道圣旨明确的规定了毛文龙和他的军队的责任为了维护新政的稳定，原东江镇撤销，原复辽军已经完成了他的使命而撤销。
将大明划分十个军区，派驻原复辽军分别组扎。
卢象升，朝鲜总督。辖区朝鲜。
刘兴贤，东北总督。辖区辽东外原蒙东，到白令海峡，到北——之极地。
毛承勇，蒙古总督。辖区中蒙西蒙。
毛承禄，西北总督。辖区青海西藏西域。
毛仲明。山陕四川总督。
洪承畴，西南总督，辖区江浙江西福建云贵。
张盘，中原总督，辖区河南河北安徽山东。
张盘。直隶总督。
刘兴基。辽东总督。
张之及。京师戍卫。
毛学礼，大明水师总提督。
郑宏达，天津府尹，马维忠，内阁次